De kwaliteit van het onderwijs wordt niet alleen gekenmerkt door de overdracht van kennis en vaardigheden, maar ook door toerusting en vorming (tovo). 

Door de snelheid van de secularisatie in ons land en de elkaar snel opvolgende maatschappelijke en technische ontwikkelingen leven leerlingen in twee werelden: de op de Bijbel gerichte thuis- en schoolomgeving en de seculiere maatschappelijke omgeving. 

Leerlingen moeten steeds meer keuzes maken. Ze worden begeleid in het maken van Bijbels verantwoorde keuzes. Andere zaken die aan bod komen, zijn bijvoorbeeld wetenschapsfilosofie, vraagstukken over het lijden, oorsprong, huwelijk en gezin, ethiek en apologetiek. Naast toerusting in dagopeningen en lessen zijn er buitenlesactiviteiten en alternatieve onderwijsvormen, zoals voorlichtingslessen en themadagen. 

Het personeel bezint zich regelmatig op thema’s die spelen in de leefwereld van jongeren. Docenten hebben als identificatiefiguur een belangrijke rol. Daarnaast hecht de school eraan zoveel mogelijk naast de ouders te staan en hen handvatten aan te reiken voor de opvoeding. Op deze wijze willen we leerlingen voorbereiden op het functioneren als christen in een seculiere omgeving.

De school zoekt naar mogelijkheden om ten aanzien van toerusting en vorming de verbinding tussen school-ouders-kerken te versterken. Daarbij is er ook aandacht voor interne afstemming tussen de verschillende locaties van het Calvijn College en met andere reformatorische scholen (mbo en basisonderwijs) in de regio. Hiervoor zijn twee projectgroepen bezig om de verschillende doorgaande leerlijnen samen te ontwikkelen en vorm te geven.